Затянувшиеся поиски «кукурузника» порождают немало вопросов и версий.
Например: почему самолет не засекли локаторы противовоздушной обороны, которые должны реагировать на любого участника воздушного пространства?
Во время брифингов и на заседаниях штаба ответом на этот вопрос было: Ан-2 – небольшой самолет. Летел низко. Локаторы могли такой и не «ухватить». Так вышло и в случае с «кукурузником», улетевшим вечером 11 июня из Серова.
Также, судя по комментариям военных, локаторы могут засечь объект, только если работают в режиме боевого дежурства. Видимо, такого дежурства не было вечером 11 июня, если самолет не "увидели" радары.
Нередко звучит предположение о причастности военных к исчезновению самолета. Известно, что в поселке Кытлым базируется военная часть и объект стратегического назначения. Если самолет летел прямиком на них, рассуждают люди, не могло ли случиться так, что его сбили как врага?
Командующий вторым командованием ВВС и ПВО Центрального военного округа генерал-майор Виктор Севастьянов сделал официальное заявление на пресс-конференции в пресс-центре ИТАР-ТАСС-Урал 18 июня:
"Что касается Ан-2, мне попалась на руки статья, которая говорит о причастности военных к тому, что этот самолет потерян. И поверьте, я глубоко понимаю родственников, которые заявляют о таких вещах, но я скажу, это будет официальное заявление - дежурные силы ПВО, второго командования ВВС и ПВО, в границах ответственности которого пропал этот самолет, не применялись. То, что касается обнаружения этого самолета, радиолокационные средства, которые имеются в распоряжении командования, основа их покрывает практически всю Россию, но невелики возможности маловысотного поля, в том районе, где предположительно пропал самолет (а полет, я полагаю, выполнялся на предельно малых высотах, буквально над вершинами сосен), потому обнаружить мы его там не могли. Я думаю, что все гораздо банальней, понятно, сейчас родственники хватаются за каждую соломинку, но думаю, мы дождемся результата, самолет все равно найдут. Потому давайте дождемся результатов и не будем высказывать какие-то версии, так как что произошло на самом деле, знают они, если живы, и господь Бог. Надежда умирает последней".